Komposisi kelembagaan pendidikan yang ada di Desa Mojojejer berdasarkan dokumen profil desa:
| Jenjang | Jumlah Unit |
| PAUD/TK | 1 |
| SD/MI | 3 |
| SMP/MTs | 2 |
| SMA/MA/Sederajat | 1 |
Sekolah dan Keunggulannya
- TK Negeri Pembina Mojowarno di Jl. Kelurahan No.40 - menyediakan layanan pendidikan anak usia dini dengan fasilitas yang mendukung perkembangan kognitif, motorik, sosial, dan emosional anak melalui kegiatan belajar yang interaktif.
- MIS Al Maunah di Jl. Joas Gg. Masjid No. 435 — lembaga pendidikan dasar berbasis madrasah yang mengintegrasikan kurikulum umum dengan pendidikan agama Islam, sehingga mampu membentuk karakter peserta didik yang religius dan berakhlak mulia.
- SDN Mojojejer 01 di Jl. Kelurahan No.38 - salah satu sekolah dasar negeri yang berperan dalam memberikan pendidikan dasar berkualitas dengan didukung tenaga pendidik yang kompeten serta berbagai kegiatan akademik maupun nonakademik.
- SDN Mojojejer 02 di Jl. Inpres, Sanggararum - memberikan layanan pendidikan dasar dengan lingkungan belajar yang kondusif serta mendukung pengembangan potensi siswa melalui pembelajaran dan kegiatan ekstrakurikuler.
- SMP Negeri 1 Mojowarno (Jl. Merdeka, Desa Mojojejer) — sekolah negeri favorit di kecamatan, terakreditasi A (SK BAN-SM No. 1347/BAN-SM/SK/2021), dengan sekitar 828 siswa.
- MTsS Al-Maunah (Jl. Joas Gg. Masjid) — madrasah tsanawiyah swasta yang menyelenggarakan pendidikan jenjang menengah pertama dengan mengintegrasikan kurikulum nasional dan pendidikan agama Islam, sehingga mendukung pembentukan karakter peserta didik yang beriman, berakhlak mulia, serta berprestasi.
- MAS Sunan Bonang (Jl. Joas Gg. Masjid) — madrasah aliyah swasta yang menyelenggarakan pendidikan jenjang menengah atas berbasis keagamaan dan kepesantrenan. Sekolah ini membekali peserta didik dengan pengetahuan akademik sekaligus pendalaman ilmu keislaman untuk membentuk lulusan yang berkarakter, religius, dan siap melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi.
Rata-rata tingkat pendidikan warga Desa Mojojejer telah mencapai jenjang SMA, menunjukkan kesadaran masyarakat akan pentingnya pendidikan yang cukup baik.
Sumber: Dokumen Profil Desa/Kelurahan Mojojejer; dapo.kemendikdasmen.go.id; daftarsekolah.net